По сюжету вы обычный школьник, желающий стать бакуганом-бойцом. И вот однажды с вами происходят два важных события: первое — вы знакомитесь с самим Дэном Кузо (одним из лучших игроков в бакуган), он учит вас азам игры и вы с ним подружитесь.
Сюжет игры не в точности повторяет аниме, а является неканоническим ответвлением. По сюжету вы обычный школьник, желающий стать бакуганом-бойцом. И вот однажды с вами происходят два важных события: первое — вы знакомитесь с самим Дэном Кузо (одним из лучших игроков в бакуган), он учит вас азам игры и вы с ним подружитесь. А второе - из измерения смерти к вам приходит бакуган из гнева и ярости Леонидаса (его стихия зависит от выбора игрока в начале). Бакуган сообщает вам, что в мир также вошел бакуган, который хочет заточить всех бакуганов в измерении смерти. После этого вы присоединяетесь к команде бойцов бакуганов. Но сюжет – это далеко не самая важная часть игры, перейдем к игровому процессу.